L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 163: Spm. om nye SARS-CoV-2-typer i henholdsvis Esbjerg og Vejle kommune. Kan regeringen oplyse, hvor disse mutationer stammer fra, om de udgør en risiko for en fremtidig vaccine, og hvad regeringen har gjort for at komme dette til livs, til sundheds- og ældreministeren

Miljø- og Fødevareudvalget 2020-21
L 77
Offentligt

26.

15. november 2020

Notat om den seneste udvikling af SARS-CoV2 på minkfarme og blandt mennesker

Notatet omfatter følgende afsnit:



Udvikling af SARS-CoV2 smittede farme



Påviste tilfælde af SARS-CoV2 blandt personer med tilknytning til

minkproduktion



Regional forekomst af SARS-CoV-2 positive personer, sekventerede prøver og

minkvarianter



Status for efterforskning af SARS-CoV-2-udbrud på pelserier

Sammenfatning

I alt 289 minkfarme har fået konstateret SARS-CoV-2 i besætningen, og dertil var 22

farme d. 24/11-20 under mistanke. På landsplan er der den seneste uge set betydeligt færre

nye SARS-CoV-2-smittede minkfarme i Region Midtjylland og Region Syddanmark og

slet ingen i Region Nordjylland, hvilket formentlig skyldes, at langt de fleste

minkbesætninger er blevet saneret eller aflivet til pelsning, afhængig af forudgående

smittestatus. I modsætning til dette er der sket en bemærkelsesværdig markant stigning i

andelen af personer, der har tilknytning til minkproduktion, der har fået påvist SARS-

CoV-2 i Region Midtjylland og Region Syddanmark. Stigningen er sket en til to uger

efter starten på saneringen og den samtidige aflivning til pelsning, hvilket indikerer, at

håndtering af mink i forbindelse med aflivning muligvis kan have været forbundet med

en betydelig smitterisiko. Samtidig er der forekommet udbrud af SARS-CoV-2 på 6 store

og et ukendt antal mindre pelserier. Det kan ikke udelukkes at der kan have være leveret

smittede mink til pelsning, dette undersøges nærmere. Det forventes, at antallet af

personer med relation til minkproduktion, der smittes med SARS-CoV-2 vil falde når der

ikke længere håndteres levende eller aflivede mink.

Bemærk venligst, at sekvensresultaterne i de foregående uger har ændret sig i denne

rapport. Dette skyldes, at der siden sidste notat er blevet sekventeret flere virusprøver fra

disse uger, særligt i Region Nordjylland. Andelen af minkvarianten i sekventerede

virusprøver fra befolkningen i Region Nordjylland har ligget stabil på ca. 20% de seneste

uger. I Midtjylland er andelen af minkvarianten i virusprøver fra befolkningen steget til

ca. 25% i uge 46, mod ca. 12% i uge 45. I Syddanmark er andelen af minkvarianten i

befolkningen steget fra 2 % til ca. 9%, hvilket formentlig er en undervurdering, da mindst

to nye virusvarianter er blevet introduceret på minkfarme i området i forbindelse med at

de første farme blev smittet i Vejle og Esbjerg kommuner. Disse nye virusvarianter er

ikke nært beslægtede med den oprindelige minkvariant, og de kan endnu ikke

identificeres med sikkerhed blandt andre sekvenstyper. Arbejde med dette pågår. I de

øvrige regioner ses fortsat sporadiske tilfælde af personer smittet med minkvarianten.

L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 163: Spm. om nye SARS-CoV-2-typer i henholdsvis Esbjerg og Vejle kommune. Kan regeringen oplyse, hvor disse mutationer stammer fra, om de udgør en risiko for en fremtidig vaccine, og hvad regeringen har gjort for at komme dette til livs, til sundheds- og ældreministeren

Udvikling af smittede farme

Den 24. november 2020 har i alt 289 minkfarme været smittet, som alle er saneret, og 22

er under mistanke, men endnu ikke bekræftet smittede (tabel 1, Fødevarestyrelsen 24/11-

20).

Kommune/Postnr. og By

Mistænkt

Herning

Holstebro

Horsens

Lemvig

Morsø

Rebild

Ringkøbing-Skjern

Struer

Varde

Vesthimmerlands

Viborg

Aalborg

I alt

Tabel 1:

Fordeling af minkfarme under mistanke for smitte på kommuner

(Fødevarestyrelsen 24/11-20).

De nye mistænkte farme er primært beliggende i det vestlige og nordvestlige Jylland

(tabel 1).

Figur 1.a:

Antal nye påviste SARS-CoV-2-positive minkfarme pr uge, fordelt på

regioner (tal fra FVST 24/11-20).

Side 2

Aflivning af mink fra farme i aflivningszoner, samt afpelsning af besætninger uden for

zonerne pågår i disse uger. Dette er sandsynligvis årsagen til, at der ses et markant fald i

antallet af nye smittede farme (figur 1. a).

Figur 1.b:

Kumuleret forekomst af SARS-CoV-2-positive minkfarme pr uge fordelt på

regioner, som procent af det samlede antal farme i den pågældende region (tal fra FVST

24/11-20).

I Region Nordjylland nåede 46% af minkfarmene at blive bekræftet SARS-CoV-2-

positive inden udgangen af uge 47. I Region Midtjylland er det tilsvarende tal 18%, og i

Region Syddanmark er det 7% (figur 1.b).

Side 3

Figur 2:

Kumuleret antal SARS-CoV-2-positive minkfarme pr uge fordelt på kommuner

(tal fra FVST 24/11-20).

Som det ses af figur 2, udviklede antallet af smittede farme i Hjørring og Frederikshavns

kommuner sig først med stigende hastighed. Herefter blev 4 af de 8 farme på Læsø

smittet. I Jammerbugt kommune blev smitten introduceret i et meget minktæt område i

Gjøl, hvilket sandsynligvis er grunden til den meget bratte stigning i denne kommune.

Som det fremgår af figur 2, blev enkelte minkfarme i 20 yderligere kommuner smittet i

perioden fra uge 39 til 47. De to kommuner med flest minkfarme i Danmark, Holstebro

og Ringkøbing-Skjern var blandt disse, og det er fortsat disse kommuner, hvor der var

flest nye mistænkte smittede farme den seneste uge (tabel 1). En samtidig spredning af

smitte fra de første smittede farme i flere kommuner i Region Midtjylland, var formentlig

forklaringen på den bratte stigning i regionen (figur 1.b). Stigningen i antal nye smittede

farme er ikke fortsat i uge 47, hvilket sandsynligvis skyldes at de fleste farme er saneret

eller nedpelset, hvorefter, der ikke p.t. følges op på smittestatus. Til gengæld er antallet

af smittede personer med tilknytning til minkfarme steget markant (figur 3.a og b).

Bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 hos personer med tilknytning til

minkproduktion og pelserier

Denne opgørelse er baseret på SARS-CoV-2 PCR-positive prøver fra personer med kendt

bopæl på produktions- eller ejer-adresser for minkfarme, og inkluderer ikke

sekvensresultater.

Som det fremgår af figur 3.a, sås en faldende forekomst af nye tilfælde af SARS-CoV-2

blandt personer med tilknytning til minkproduktion i Region Nordjylland i uge 43-45,

hvorefter der igen forekom en mindre stigning i det ugentlige antal smittede i uge 46 og

47 på trods af en generel nedgang i ugentlige smittede i Region Nordjylland (figur 5.a).

Samtidigt har forekomsten af SARS-CoV-2-positive personer med tilknytning til

minkproduktion i Region Midtjylland været stærkt stigende fra uge 40, og var fortsat høj

i uge 47. En tilsvarende markant stigning er set i Region Syddanmark fra uge 43 (figur

3.a og b).

Side 4

Figur 3.a:

Forekomst af nye tilfælde af SARS-CoV-2 hos personer med bopæl på

minkfarme og/eller ejer adresser pr. uge, fordelt på regioner.

Figur 3.b:

Kumuleret forekomst af tilfælde af SARS-CoV-2 hos personer med bopæl på

minkfarme og/eller ejer adresser pr. uge, fordelt på regioner. Angivet i procent af alle

personer med kendt tilknytning til minkproduktion pr. region.

I alt er 321 (29%) af 1092 personer med tilknytning til minkproduktion og deres

husstandsmedlemmer blevet testet positive for SARS-CoV-2 i Region Nordjylland fra

Side 5

minkudbruddets start i juni frem til uge 47. Tilsvarende tal for Region Midtjylland er 18%

(214 af 1210 personer) og for Region Syddanmark 9 % (75 af 806 personer) (figur 3.b).

Til sammenligning er kun ca. 1,3 % af hele Danmarks befolkning blevet testet PCR-

positiv for SARS-CoV-2 siden epidemiens start (74.204 personer med bekræftet SARS-

CoV-2 ud af 5.837.213 personer). Som det ses af Figur 3. a og b, er der sket en betydelig

stigning i nye COVID-19-tilfælde hos personer med tilknytning til minkproduktionen de

seneste par uger, med en markant indflydelse på den kumulerede forekomst. Det

formodes, at de seneste ugers aktivitet med håndtering af mink, i form af aflivning til

pelsning og destruktion, har medført en forhøjet erhvervsrelateret risiko for at blive

smittet med SARS-CoV-2.

Det forventes, at efterhånden som nedslagning i aflivningszonerne og aflivning til

pelsning færdiggøres, vil færre personer med tilknytning til minkproduktion blive SARS-

CoV-2-positive. De mange smittede personer med tilknytning til mink, sammenholdt med

at der ifølge Styrelsen for Patientsikkerhed (STPS), er ca. 310 personer på 6 store og flere

mindre pelserier, der er testet positive for SARS-CoV-2. Der iværksættes undersøge lser

af om smittede mink kan være blevet leveret til pelsning.

Ud af 116 sekventerede virusprøver fra personer med tilknytning til minkproduktion, var

de 107 (92%) en minkvariant, og kun 9 prøver i denne gruppe tilhørte andre SARS-CoV-

2-typer.

I denne forbindelse skal nævnes, at der i blandt andet Esbjerg og Vejle kommuner er

forekommet farme, hvor minkene var smittet med andre SARS-CoV-2-typer end

minkvarianten. Så det er meget sandsynligt, at personer, der måtte indgå i smittekæder

med en af disse farme, ikke vil blive opdaget som værende smittet med en minkrelate ret

virustype. Arbejdet med at identificere disse nye virustyper i minkfarme, hos smitte de

personer tilknyttet disse farme, samt den videre spredning i det omgivende samfund eller

på pelserier er igangsat.

Som det ses af figur 4, har der i løbet af oktober været en forholdsvis beskeden andel af

personer med tilknytning til minkproduktion, som testede positive for SARS-CoV-2 i

Region Midtjylland, og kun enkelte i Region Syddanmark, hvorefter antallet af smittede

begyndte at stige i november måned.

I uge 46 var procentdelen af positive SARS-CoV-2 prøver fra personer med tilknytning

til minkproduktion 10 % i Region Nordjylland, 33 % i Region Midtjylland, og 22 % i

Region Syddanmark. I uge 47 var de tilsvarende tal 10% for Region Nordjylland, 23%

for Region Midtjylland, og steget til 29% i Region Syddanmark (figur 4). Til

sammenligning var procentdelen af positive prøver ud af alle PCR-prøver i befolkninge n

som helhed ca. 1,7 % i uge 47.

Der er altså fortsat en betydelig risiko forbundet med at være medlem af en husstand med

tilknytning til minkproduktion i områder med smittede minkbesætninger. Denne risiko

forventes at falde efterhånden som minkene på de resterende farme slås ned eller pelses.

Side 6

Figur 4:

Antal negative testede (blå) og antal SARS-CoV-2-positive (rød) pr. dag for

personer med tilknytning til minkproduktion i Region Nordjylland, Region Midtjylla nd

og Region Syddanmark.

Side 7

Regional forekomst af SARS-CoV-2 positive personer, sekventerede prøver og fund

af minkvariant

I det nedenstående afsnit opgøres antal SARS-CoV-2 PCR-positive prøver blandt alle

borgere, antal prøver der er sekventeret ved helgenomsekventering (WGS) og antal

prøver med minkvariant. En beskrivelse af definitionen for minkvariant kan findes bagest

i notatet.

Tallene for sekventerede prøver i de seneste uger har ændret sig en smule fra sidste uges

notat. Det skyldes at der er sekventeret flere prøver fra perioden. Disse ændringer påvirker

ikke konklusioner i tidligere rapporter. Flere sekvensresultater giver et mere sikkert

estimat af forekomsten af minkvarianten. Især prøver fra Region Nordjylland har været

opprioriteret i forhold til de øvrige regioner. Derfor bør især resultater fra uge 44-46

betragtes regionsvist.

Der er fundet minkfarme i Region Syddanmark smittet med varianter, der ikke hører ind

under den samlede betegnelse ”minkvariant”. For at vurdere

udbredelsen af disse

varianter i prøver fra personer, skal der foretages en mere grundig fylogenetisk analyse.

Dette arbejde pågår i øjeblikket, og rapporteres i en senere rapport. Der tages derfor

forbehold for, at nærværende opgørelser, der kun baseres på minkvariant som kilde til

smitte af mennesker med SARS-CoV-2 fra mink, kan være en underestimering af

minkfarmenes betydning for smitte i samfundet. Det formodes, at dette i særlig grad vil

gælde for Region Syddanmark, da det er her de første minkfarme smittet med en anden

virusvariant end minkvarianten blev identificeret.

Region Nordjylland:

I Region Nordjylland sås en faldende tendens i forekomsten af

påvist SARS-CoV-2 i befolkningen fra 817 i uge 44 til 356 i uge 47 (figur 5.a). Den

relative forekomst af SARS-CoV-2 minkvariant virus har været faldende fra uge 41 til

uge 44, men har de seneste uger (44-46) ligget stabilt omkring 20% (figur 5.b). I uge 45

og 46 er hhv. 45% og 47% af alle positive prøver fra Region Nordjylland blevet

sekventeret (tabel 3.a).

Side 8

Figur 5.a:

Grå: Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 i Region Nordjylland, uge 24-

47. Rød/gul: Antal sekventerede prøver.

Figur 5.b:

Relativ fordeling mellem SARS-CoV-2 mink variant virus og andre typer pr.

uge i Region Nordjylland, uge 24-46.

Side 9

Region Midtjylland:

I Region Midtjylland stiger antallet af smittede personer fortsat og

var i uge 47 på det hidtil højeste antal med 1718 nye tilfælde (figur 6.a). Det første tilfæ lde

med minkvariant sås i uge 40, med en stigende tendens frem mod uge 46, hvor andelen

af SARS-CoV-2 minkvariant udgjorde 25 % af de sekventerede prøver (figur 6.b og tabel

3.b). Stigningen faldt sammen med en stigning i antallet af smittede minkfarme i regionen

og en stigning i antal smittede personer med tilknytning til minkproduktion (se ovenfor).

Grundet ændret strategi for sekventering af prøver, er der i uge 45 og 46 kun sekventeret

hhv. 19% og 7% af de positive prøver fra Region Midtjylland (tabel 3.b). Estimatet for

Region Midtjylland er derfor forbundet med en del usikkerhed.

Figur 6.a:

Grå: Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 i Region Midtjylland, uge 24-

47. Rød/gul: Antal sekventerede prøver.

Side 10

Figur 6.b:

Relativ fordeling mellem SARS-CoV-2 mink variant virus og andre typer pr.

uge i Region Midtjylland, uge 24-46.

Side 11

Region Syddanmark:

I Region Syddanmark stiger antallet af smittede personer fortsat

og var i uge 47 på det hidtil højeste antal med 1452 nye tilfælde (figur 7.a). Det første

tilfælde med minkvariant sås i uge 43, med en stigning i uge 46, hvor andelen af SARS-

CoV-2 minkvariant udgjorde 9 % af de sekventerede prøver (figur 7.b). Grundet ændret

strategi for sekventering af prøver, er der i uge 45 og 46 kun sekventeret hhv. 21% og 7%

af de positive prøver fra Region Syddanmark (tabel 3.c). Det første tilfælde af smitte hos

personer med tilknytning til minkproduktion blev fundet i uge 42 og har været i kraftig

stigning siden (se ovenfor). Der er desuden fundet et stigende antal smittede

minkbesætninger i Region Syddanmark over de seneste uger (figur 1).

Figur 7.a:

Grå: Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 i Region Syddanmark, uge

24-47. Rød/gul: Antal sekventerede prøver.

Figur 7.b:

Relativ fordeling mellem SARS-CoV-2 mink variant virus og andre typer pr.

uge i Region Syddanmark, uge 24-46.

Side 12

Tabel 2 viser hvor mange bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2, det samlede antal

sekventerede og minkvariant i de forskellige regioner. Den procentvise andel af prøver,

der er sekventeret varierer mellem regionerne og over tid.

Tabel 2:

Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 fra uge 24-46, antal sekventerede

prøver og antal tilfælde af sekventerede prøver med SARS-CoV-2 mink variant virus,

fordelt på regioner samt personer uden bopæl.

Region

Bekræftede

SARS- Antal

Antal minkvariant

CoV-2

sekventerede

Nordjylland

4771

1455

420

Midtjylland

10455

1714

Syddanmark

7048

1578

Sjælland

5807

1094

Hovedstaden

23730

4142

Turist/løs arb.

626

114

Total DK

52437

10097

566

Andelen af prøver, der er blevet sekventeret varierede fra 5-47 % mellem forskellige uger

og regioner (tabel 3.a-e). Det bør bemærkes at der er foretaget en ændring af strategien

for sekventering af prøver, hvilket betyder at positive prøver fra Region Nordjylland

prioriteres i forhold til øvrige regioner. Dette er særlig tydeligt for ugerne 45 og 46, men

kan også ses i de forudgående uger. Region Nordjylland er den region, der har haft flest

positive prøver med SARS-CoV-2 minkvariant, og i de seneste uger er positive prøver

fra Region Nordjylland sekventeret i meget højere grad end de øvrige regioner (47% af

de positive prøver fra Region Nordjylland i uge 46 og 7-8% af de positive prøver fra de

øvrige regioner i samme uge). På den baggrund bør resultaterne betragtes regionsvist, og

derfor angives ikke en tabel med sekvensresultater for hele landet i dette notat.

Inden for de enkelte regioner foregår der ikke nogen selektion af prøver på personnivea u,

men prøver fra sundhedssporet er underrepræsenteret i forhold til prøver fra

samfundssporet. Det kan muligvis introducere et bias hvis forskellige persongrupper

testes i forskelligt testregi.

Det estimerede antal tilfælde af minkvariant i tabellerne 3.a-e er foretaget under en

antagelse om, at andelen af minkvarianter blandt sekventerede prøver er den samme for

alle påviste tilfælde.

Side 13

Tabel 3.a:

Region Nordjylland

Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel

minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,

forårsaget af minkvarianten.

Antal

Sekventerede

Minkvariant

Estimeret

antal

bekræftede

tilfælde

minkvarianten

Antal

Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)

sekventerede

bekræftede

(95% CI)

Uge 24-40

1577

473

30%

152

32% (28-37)

507 (441-576)

Uge 41

295

16%

60% (44-74)

176 (131-217)

Uge 42

330

143

43%

51% (43-59)

168 (140-196)

Uge 43

679

37% (23-53)

253 (156-362)

Uge 44

817

258

32%

17% (12-22)

136 (101-178)

Uge 45

588

265

45%

22% (17-27)

129 (100-161)

Uge 46

485

226

47%

22% (17-28)

107 (82-136)

Tabel 3.b:

Region Midtjylland

Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel

minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,

forårsaget af minkvarianten.

Antal

Sekventerede

Minkvariant

Estimeret

antal

bekræftede

tilfælde

minkvarianten

Antal

Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)

sekventerede

bekræftede

(95% CI)

Uge 24-40

3597

782

22%

0% (0-1)

14 (3-40)

Uge 41

770

107

14%

2% (0-7)

14 (2-51)

Uge 42

678

209

31%

3% (1-6)

19 (7-42)

Uge 43

1186

5% (1-14)

60 (13-168)

Uge 44

1293

185

14%

11% (7-17)

147 (93-218)

Uge 45

1320

253

19%

12% (8-16)

157 (108-218)

Uge 46

1601

119

25% (18-34)

404 (283-544)

Tabel 3.c:

Region Syddanmark

Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel

minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,

forårsaget af minkvarianten.

Antal

Sekventerede

Minkvariant

Estimeret

antal

bekræftede

tilfælde

minkvarianten

Side 14

Antal

Uge

24-40

2211

358

548

826

1024

990

1088

864

148

180

210

Andel (%)

bekræftede

39%

13%

27%

18%

21%

Antal

Andel (%)

sekventerede

(95% CI)

0% (0-0)

0% (0-7)

0% (0-2)

2% (0-11)

2% (0-5)

2% (1-5)

9% (4-18)

af Antal (95% CI)

0 (0-9)

0 (0-26)

0 (0-13)

16 (0-88)

17 (4-49)

19 (5-48)

102 (42-199)

Øvrige regioner.

I Region Sjælland og Region Hovedstaden er der over de seneste uger

påvist sporadiske forekomster af SARS-CoV-2 minkvariant hos smittede personer (3.d

og e), hvilket indikerer en beskeden udbredelse uden for områder med smittede

minkbesætninger.

Tabel 3.d:

Region Sjælland

Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel

minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,

forårsaget af minkvarianten.

Antal

Sekventerede

Minkvariant

Estimeret

antal

bekræftede

tilfælde

minkvarianten

Antal

Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)

sekventerede

bekræftede

(95% CI)

Uge 24-40

2053

500

24%

0% (0-1)

4 (1-23)

Uge 41

226

12%

0% (0-13)

0 (0-30)

Uge 42

279

33%

0% (0-4)

0 (0-11)

Uge 43

536

5% (1-17)

27 (3-91)

Uge 44

829

140

17%

3% (8-7)

24 (65-59)

Uge 45

985

226

23%

1% (0-4)

13 (3-38)

Uge 46

899

0% (0-5)

0 (0-47)

Side 15

Tabel 3.e:

Region Hovedstaden

Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel

minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,

forårsaget af minkvarianten.

Antal

Sekventerede

Minkvariant

Estimeret

antal

bekræftede

tilfælde

minkvarianten

Antal

Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)

sekventerede

bekræftede

(95% CI)

Uge 24-40

8659

1805 21%

0% (0-0)

14 (3-42)

Uge 41

1019

179

18%

0% (0-2)

0 (0-21)

Uge 42

1312

449

34%

0% (0-1)

3 (1-16)

Uge 43

2541

140

0% (0-3)

0 (0-66)

Uge 44

3456

578

17%

1% (1-3)

48 (21-94)

Uge 45

3415

749

22%

1% (0-2)

32 (13-65)

Uge 46

3327

242

1% (0-4)

41 (9-119)

Side 16

Definition og prøver med SARS-CoV-2 minkvariant, mutationer og clustre

SARS-CoV-2 sekvenser fra mennesker og mink analyseres først via en fylogene tisk

analyse*, der inddeler sekvenserne i clustre** baseret på hvor meget de ligner hinanden

over hele SARS-CoV-2 genomet. Hele genomet bruges fordi det giver mest informa tio n

om sekvensernes indbyrdes afstamning. Når vi opgør minkvarianter i rapporten, så har vi

valgt at begrænse det til varianter, der indeholder mutationen*** Y453F i spikeproteinet,

da sekvenser med denne mutation kan spores tilbage til de første udbrud på minkfa r me

og hos personer i Nordjylland. Da S genet (der koder for Spike proteinet) kun udgør en

del af genomet, der anvendes til fylogenien og cluster identifkationen, kan clustrene

indeholde forskellige kombinationer af mutationer i Spike proteinet. Spike protein

mutationerne er derfor ikke nødvendigvis sammenfaldende med clustrene. Der fokuseres

på mutationer i Spike proteinet, da det er dette område der udvikles vacciner imod. Ud

fra dette er der totalt 13 forskellige spikemutationer registreret i mink. Disse

mutationer

forekommer i forskellige kombinationer, som udgør en række varianter af

virus. F.eks. har Cluster 5 varianten, som blev brugt i neutralisationstesten, en

kombination af Y453F, 68-69del, I692V og M1229I. Der er registreret i alt

11 variante r

i mink, med kombinationer af Y453F og op til 4 andre spikemutationer. Den variant der

er mest forekommende i mink har to ændringer (Y453F og 68-69del). En del af disse

minkvarianter er kun set i mink, mens andre er observeret i både mink og mennes ker

(cluster 1-5)

. Desuden er der fundet yderligere en række ”minkvarianter” i mennesker.

Dvs. at vi samlet har ”ca. 20 forskellige minkvarianter med forskellige kombinationer af

mutationer i spikeproteinet”. Disse tal forventes løbende at blive ændret, når

flere

sekvenser fra mink og mennesker bliver analyseret.

*En fylogenetisk analyse er en statistisk metode til at analysere sekvenser, her Sars-CoV-

2 sekvenser. Med metoden forsøges at danne et stamtræ over sekvensernes indbyrdes

afstamning.

**Et cluster er betegnelsen for en fylogenetisk gruppering af sekvenser, der har et nylig

fælles slægtskab og minder relativt mere om hinanden end de øvrige sekvenser, der

analyseres.

***En mutation er en ændring af virus arvemateriale i forhold til et kendt

referencegenom. Nogle mutationer medfører at virus proteiner også ændres, og det er

disse der analyseres her. Den minkvariant definerende mutation, der omtales i rapporten

er en ændring, der opstod blandt mink på minkfarme i Nordjylland og som var

kendetegnet ved mutationen Y453F. Denne mutation var ikke på det tidspunkt set hos

andre smittede personer i Danmark. Siden er der i de virus der nedstammer fra denne

første introduktion også opstået andre mutationer i Spike proteinet, som f.eks. dem der

findes i Cluster 5.

Side 17