Kommissionen befinder sig i hjertet af det europæiske samarbejde. Den har stort set monopol på at fremsætte forslag til EU-love og fungerer som en vigtig mægler, når Ministerrådet og Europa-Parlamentet skal vedtage EU-love. Ministerrådet og Europa-Parlamentet kan som udgangspunkt ikke vedtage EU-love, medmindre der foreligger et forslag fra Europa-Kommissionen. Både Ministerrådet og Europa-Parlamentet kan dog opfordre, men ikke tvinge, Europa-Kommissionen til at fremsætte forslag til lovgivning.
Kommissionen fremsætter størstedelen af sine lovforslag for at justere eller opdatere allerede eksisterende lovgivning eller for at gennemføre internationale forpligtelser, som EU har påtaget sig – f.eks. under Verdenshandelsorganisationen (WTO) eller internationale miljøkonventioner.
Når Kommissionen træffer beslutninger sker det samlet – det er således hele Kommissionen, der er ansvarlig for f.eks. et forslag til direktiv på miljøområdet, selv om det er miljøkommissæren, som internt i Kommissionen er ansvarlig for at udarbejde selve direktivforslaget.
Kommissionen er traktatens vogter
En anden vigtig del af Europa-Kommissionens arbejde består i at kontrollere, at medlemsstaterne overholder, anvender og gennemfører EU-reglerne korrekt. Man taler om, at Europa-Kommissionen optræder som traktatens vogter.
Hvis Europa-Kommissionen vurderer, at en medlemsstat ikke har opfyldt sine forpligtelser i henhold til EU-retten, kan den indlede en traktatbrudssag mod denne stat og i sidste ende anlægge en sag ved EU-Domstolen.
Kommissionen gennemfører budgettet og repræsenterer EU
Europa-Kommissionen skal også fremlægge og administrere EU’s årlige budget, dvs. at sørge for, at de vedtagne bevillinger falder i de rette lommer. Da de fleste midler på EU-budgettet forvaltes af medlemsstaternes nationale eller regionale myndigheder, skal Europa-Kommissionen kontrollere, at disse myndigheder anvender pengene korrekt.
Det er også Europa-Kommissionens opgave at repræsentere EU internationalt og på vegne af EU forhandle nye aftaler med tredjelande og internationale organisationer.
Upartisk og uafhængig
Europa-Kommissionen består af én kommissær fra hvert medlemsstat. Det vil sige i alt 27 kommissærer. Spørgsmålet om antallet af kommissærer er et politisk følsomt emne, som har været diskuteret i EU af flere omgange. Tidligere havde de fem store ”gamle” EU-lande (Tyskland, Frankrig, Spanien, Storbritannien og Italien) hver to kommissærer. mens de små lande havde én kommissær.
Kommissærerne skal varetage EU’s fælles interesser og må ikke handle på ordre fra deres hjemlande.
Ifølge EU-traktaten har medlemsstaterne forpligtet sig til at respektere kommissærernes uafhængighed og til ikke at forsøge at påvirke dem.
Kommissærer fra regeringspartier
I praksis er Europa-Kommissionen dog ikke helt upåvirket af nationale interesser. Allerede Europa-Kommissionens udnævnelse er præget af nationale hensyn. Det er nemlig Ministerrådet og den nyvalgte kommissionsformand, som efter indstilling fra de enkelte medlemsstaters regeringer udnævner de nye kommissærer.
Regeringernes indstillinger er ofte præget af nationale og partipolitiske interesser, så kommissærerne er som regel håndplukket fra et regeringsparti i hjemlandet.